Das Land ist in mehrere Regionen unterteilt: West-Bhutan, Zentral-Bhutan, Ost-Bhutan und Süd-Bhutan.
Sieben Dzongkhags (Bezirke) bilden das westliche Bhutan. Chhukha ist die kommerzielle und finanzielle Hauptstadt von Bhutan mit zwei Wasserkraftwerken. Die Bhutan‘s Hauptstadt Thimpu zählt zu den meist entwickelten Dzongkhangs. Paro, einer der am weitesten entwickeltsten Bezirke des Landes, wird durch seine fruchtbaren Reisfelder auch die "Reisschüssel" des Königreichs genannt. Punakha, die ehemalige Hauptstadt von Bhutan, ist es auch weiterhin Winterresidenz des zentralen klösterlichen Organs. Der zweitgrößte Bezirk in Bhutan Wangduephodrang besitzt etwa 65% der Waldfläche des Landes. Er ist für seine feinen Bambus-, Schiefer- und Steinmetzarbeiten berühmt. Haa, als "Verborgenes Reistal-Land" bekannt, war das alte Zentrum des Handels mit Tibet. Gasa liegt im äußersten Nordwesten des Landes.
Es wird angenommen, dass Zentral-Bhutan der erste bewohnte Teil war. Trongsa ist der zentrale Bezirk von Bhutan. Dort leben die Menschen von der Landwirtschaft. Bumthang ist das spirituelle Kernland von Bhutan. Deshalb finden sich dort die ältesten und kostbarsten buddhistischen Stätten. Lhuentse ist eines der am stärksten isoliertesten, aber historisch bedeutsamen Bezirk, das für mehrere renommierte Pilgerstätten bekannt ist. Zhemgang ist einer der unzugänglichsten Bezirk im Land, zu 86% bewaldet. Die Wälder dort sind biologisch sehr vielfältig.
Ost-Bhutan war in den alten Zeiten eine wichtige Handelsroute zwischen Indien und Tibet und ist jetzt die am dichtesten besiedelte Region. Hier sind die Wälder dünner und die Höhen sind niedriger als im Westen. Monggar ist die zweitgrößte Stadt im Osten. Trashigang, einer der größten Bezirke des Landes, war einst das Zentrum des Handels mit Tibet. Heute ist es nur noch für seine tropischen Pflanzen und Früchte bekannt. Trashiyangtse, der jüngste Bezirk, wunderschön und reich an Natur. Pemagatshel wird auch "glückseliges Land des Lotus" genannt, gekennzeichnet durch stark zergliederte Bergketten, steile Hänge, enge Täler und zerklüftetes Gelände. Samdrup Jongkhar pflegt grenzüberschreitende Handelsbeziehungen mit Indien.
Dagana, der abgelegenste Bezirk im Süd-Bhutan des Landes teilt sich die Grenze mit Indien, 79% der Gesamtfläche sind mit Wald bedeckt. Der Distrikt Samtse betreibt entwickelten Gartenbau und ist reich an Bodenschätzen. Sarpang, an der indischen Grenze liegend ist für die zentralen Distrikte das kommerzielle Zentrum und Tsirang ist bekannt für seine sanften Hänge, mildem Klima, reicher biologischen Vielfalt, Getreideanbau und Gartenbau.